Zarówno wniosek, jak i wszelkie informacje podane we wniosku mogą być przez wnioskodawcę modyfikowane i aktualizowane w toku postępowania refundacyjnego. Minister Zdrowia, wydając decyzję refundacyjną, będzie zobowiązany uwzględnić wszelkie nowe dane lub okoliczności oraz formułowane przez wnioskodawcę oczekiwania.
Ustalenia Ministra Zdrowia w ramach postępowań refundacyjnych w przeważającym zakresie opierać się będą na informacjach i dokumentach przedkładanych przez wnioskodawców. W okresie przejściowym w kierowanym do wnioskodawców wezwaniu Minister Zdrowia zobowiąże ich do przekazania podstawowych danych niezbędnych do wydania decyzji. Od prawidłowości złożonych informacji zależeć będzie nie tylko treść decyzji refundacyjnej, ale również jej byt prawny. Podważenie wiarygodności i precyzji oszacowań wskazanych przez wnioskodawcę stanowi podstawę do późniejszego uchylenia decyzji refundacyjnej.
Wobec powyższego szczególnego znaczenia nabiera prawidłowość danych przedstawionych przez wnioskodawcę. W celu jej zapewnienia wnioskodawca będzie mógł dostarczać nowe, bardziej aktualne lub oparte na nowych wyliczeniach i ustaleniach dane. Minister Zdrowia będzie musiał uwzględnić wszelkie aktualizacje przedkładanych mu informacji
Zmianie w toku postępowania będą mogły ulegać również oczekiwania wnioskodawcy co do urzędowej ceny zbytu oraz instrumentów dzielenia ryzyka. W zależności od przebiegu negocjacji będzie on mógł przeformułować swoje propozycje co do instrumentów dzielenia ryzyka, a nawet – zrezygnować z proponowanych wcześniej instrumentów. W każdym ze wskazanych wypadków Minister Zdrowia będzie miał obowiązek na nowo ocenić oczekiwania wnioskodawcy w świetle przepisów prawa. Możliwość zmiany kończy dopiero wydanie ostatecznej decyzji refundacyjnej.
Należy zastrzec przy tym, że nadużycie wskazanych możliwości może doprowadzić do przedłużenia się postępowania refundacyjnego. W szczególnych wypadkach może rodzić konieczność powtórzenia niektórych etapów postępowania, co może doprowadzić do nieumieszczenia wnioskowanego produktu w pierwszym obwieszczeniu Ministra Zdrowia.