Zgodnie z rozstrzygnięciem przyjętym przez Sąd faktury wysłane mailem albo faksem, niezależnie od tego, czy zostały opatrzone tzw. bezpiecznym podpisem elektronicznym, czy też nie, wywołują takie same skutki jak te sporządzone w formie papierowej i wysłane pocztą. Tym samym, na podstawie tak otrzymanej faktury podatnik ma prawo do odliczenia podatku naliczonego.
Dotychczasowe stanowisko i praktyka, zarówno fiskusa jak i sądów pierwszej instancji, odmawiały takim fakturom mocy prawnej. W wyniku tego podatnik na podstawie faktury papierowej przesłanej drogą elektroniczną, zdaniem organów podatkowych i sądów, nie miał prawa do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wykazanego na takiej fakturze. Przedsiębiorcy zgodnie z obowiązującymi przepisami mogli przesyłać faktury drogą elektroniczną, ale jedynie przy wykorzystaniu tzw. bezpiecznego podpisu elektronicznego. Wysokie koszty uzyskania takiego podpisu powodowały, że w praktyce rzadko korzystano z tego środka i w związku z tym podatnicy zmuszeni byli wysyłać faktury pocztą.
Przełomowy wyrok NSA jest korzystny dla podatników i odchodzi od powyższego restrykcyjnego stanowiska. Nie oznacza to jednak końca sporu w tej kwestii. Organy podatkowe mogą dalej stosować dotychczasowe podejście i odmawiać podatnikom prawa do odliczenia podatku naliczonego VAT w takich sytuacjach. Kluczowe w tej sprawie może okazać się uzasadnienie wyroku NSA, które opublikowane zostanie w najbliższym czasie. Jego treść może dać wskazówki co do najlepszej taktyki dla wprowadzenia procedur wysyłki faktur drogą elektroniczną w Państwa firmie.