Stanowisko sądów administracyjnych w sprawie odliczenia podatku VAT na nabyciu samochodów i paliwa bywa bardzo rozbieżne. W przypadku spółki Magoora (sprawa rozpatrywana przez WSA w Krakowie) sąd uznał, iż Polska naruszając klauzulę stand still, doprowadziła do sytuacji, w której żadne ograniczenia w prawie do odliczenia podatku VAT na nabyciu samochodów i paliwa do nich, nie mogą być skutecznie nakładane po 1 maja 2004 r.
W odpowiedzi na zapytanie sądu rozpatrującego skargę kasacyjną od tego wyroku, NSA odmówił wydania uchwały wyjaśniającej przepisy w powyższej sprawie. W ocenie sędziów, w tej konkretnej sprawie nie ma bowiem takiej potrzeby. Na podstawie wskazanego powyżej wyroku ETS spółce Magoora będzie bowiem zawsze przysługiwać prawo do odliczenia podatku VAT, także przy przyjęciu bardziej restrykcyjnej interpretacji przepisów, stosowanej przez cześć sądów.
Wobec nie zajęcia stanowiska przez NSA najbezpieczniejszym rozwiązaniem dla podatników będzie stosowanie się do wydanej przez Ministerstwo Finansów w dniu 13 lutego 2009 interpretacji ogólnej, zgodnie z którą pełne odliczenie jest możliwe tylko w odniesieniu do samochodów w stosunku do których od dnia 30 kwietnia 2004 r. ustawa o VAT przyznawała takie prawo w poszczególnych okresach jej obowiązywania.