Istotą sporu podatnika z organami podatkowymi było zbadanie zgodności z prawem wspólnotowym przepisu ustawy o VAT, stanowiącym, iż podatnik ma prawo do obniżenia podstawy opodatkowania pod warunkiem posiadania, przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy, potwierdzenia otrzymania korekty faktury przez nabywcę towaru lub usługi, dla którego wystawiono fakturę.
WSA w pierwszej części uzasadnienia wyroku wskazał na zasadę pierwszeństwa prawa stanowionego przez Wspólnotę Europejską, w przypadku rozbieżności pomiędzy przepisami prawa krajowego a prawem wspólnotowym. Mając powyższą regułę na uwadze WSA zdecydował, iż przepis będący przedmiotem sporu narusza podstawowe zasady podatku VAT, tj. zasadę neutralności i proporcjonalności, w zakresie w jakim wymaga od podatnika spełnienia dodatkowych warunków merytorycznych w celu uzyskania zwrotu podatku. Posiadanie dowodu odbioru faktury korygującej jest jedynie wymogiem technicznym, a nie warunkiem powstania prawa do zmniejszenia obrotu i nie może decydować o prawie podatnika do zmniejszenia podatku VAT. Sąd stwierdził ponadto, iż krajowa regulacja narusza w nadmiernym stopniu cele i treść Dyrektywy 112, przez co osłabia zasady wspólnego systemu VAT.
Należy pamiętać, iż praktyka organów podatkowych w dalszym ciągu odbiega od stanowiska prezentowanego w wyroku i jest niekorzystna dla podatników. W mojej opinii wyrok ten powinien jednak stanowić poważny sygnał dla polskiego ustawodawcy, a także wskazówkę dla organów podatkowych.