Organy podatkowe nie mają prawa kwestionować prawa podatnika do odliczenia podatku naliczonego, jeżeli nie są w stanie udowodnić, iż wiedział on lub powinien był wiedzieć, iż transakcje stanowiące podstawę prawa do odliczenia wiążą się z przestępstwem popełnionym przez dostawcę lub inny podmiot działający na wcześniejszym etapie obrotu.
Jedynie istnienie świadomości przedsiębiorcy co do oszustwa podatkowego na wcześniejszym etapie obrotu uniemożliwia odliczenie podatku naliczonego wynikającego z faktur dokumentujących transakcje pomiędzy nim a jego kontrahentem.
NSA wyrokiem z dnia 18 grudnia 2012 r. sygn. I FSK 1694/11 potwierdził pozytywną dla podatników linię orzeczniczą w przedmiocie prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z fikcyjnych faktur.
Powyższy wyrok został wydany w stanie faktycznym, w którym organy podatkowe zakwestionowały prawo podatnika do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur niedokumentujących rzeczywistej transakcji, tj. pustych faktur w rozumieniu przepisu art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o podatku od towarów i usług. Organy podatkowe odmówiły podatnikowi prawa do odliczenia naliczonego podatku od wartości dodanej w odniesieniu do transakcji w których wystawca faktury (lub podmiot działający na wcześniejszym etapie obrotu) dopuścił się oszustwa.
NSA powołując się na wyroki Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej wydane w sprawach połączonych Mahagében kft i Péter Dávid (C-80/11, C-142/11) oraz w sprawie Bonik (C-285/11) wskazał, iż organy podatkowe kwestionując dopuszczalność odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur nie dokumentujących rzeczywistych transakcji, muszą udowodnić, iż przedsiębiorca świadomie uczestniczył w oszustwie podatkowym. W ocenie NSA to na organach podatkowych spoczywa obowiązek udowodnienia, iż podatnik nie zachował należytej staranności w kontaktach handlowych z kontrahentami oraz że posiadał świadomość przestępczego charakteru działań wystawcy faktury. NSA wskazał jednoznacznie, iż jeżeli organy podatkowe nie są w stanie udowodnić złej wiary podatnika, nie mogą zakwestionować jego prawa do odliczenia podatku naliczonego.
Powyższy wyrok w pełni wpisuje się w ugruntowaną już linię orzeczniczą NSA (m.in. sprawy o sygn. akt I FSK 1200/11, I FSK 1201/11), iż niedopuszczalna jest sytuacja w której pomimo zachowania należytej staranności w kontaktach z kontrahentami i braku świadomości w zakresie ich przestępczej działalności podatnik ponosi negatywne konsekwencje działań innych podmiotów.