W wyroku z dn. 08.09.2010 r. WSA wypowiedział się w sprawie zasad określania wysokości podatku naliczonego związanego ze sprzedażą opodatkowaną w sytuacji, w której podatnik dokonuje także sprzedaży zwolnionej od podatku.
Podatnik (w tym przypadku instytucja finansowa, której usługi zasadniczo zwolnione są od VAT) powołała wewnętrzną jednostkę organizacyjną świadczącą usługi opodatkowane, np. usługi reklamowe lub wsparcia technicznego.
Podatnik nabywając towary i usługi wykorzystywane przez ww. wyodrębnioną jednostkę otrzymywał albo odrębne faktury, albo określał pozycje na fakturach związane ze sprzedażą opodatkowaną, albo samodzielnie wyodrębniał z otrzymywanych faktur kwoty VAT wg przyjętego przez siebie klucza podziału (np. stosunek liczby placówek partnerskich do placówek ogółem, liczbę klientów obsługiwanych przez określone placówki do klientów ogółem).
Minister Finansów w interpretacji podatkowej odmówił prawa do odliczenia podatku zgodnie z określonymi przez podatnika kryteriami podziału. Wskazał, iż w takiej sytuacji ustawa o VAT w sposób wyłączny reguluje kwestię odliczenia proporcjonalnego, i że mechanizm ten nie może być zastąpiony przez metodę określoną przez samego podatnika.
Z argumentacją Ministra Finansów zgodził się WSA. Sąd uznał, że wskaźnika proporcji obliczanego zgodnie ustawą o VAT nie można zastąpić innym, ustalonym przez podatnika kluczem podziału.