Podatnik zwracając się do Ministra Finansów z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej prawa podatkowego ma prawo pytać o interpretację przepisów unijnych i ich implementację do krajowego porządku prawnego.
Orzecznictwo sądów administracyjnych potwierdza wprost, iż akty prawa stanowione przez Unię Europejską stanowią integralną część systemu prawnego każdego z państw członkowskich, a tym samym organy podatkowe mają obowiązek stosować i interpretować przepisy krajowe w zgodzie z prawem wspólnotowym – również w postępowaniach interpretacyjnych.
W maju 2004 roku Polska przystąpiła do Unii Europejskiej i od tego czasu polski system prawa został w hierarchiczny sposób podporządkowany systemowi prawa wspólnotowego. Również na płaszczyźnie prawa podatkowego doszło do supremacji regulacji europejskich nad krajowymi. Nadrzędność prawa wspólnotowego w sposób bezpośredni rzutuje na instytucję interpretacji indywidualnych prawa podatkowego.
W orzecznictwie sądów administracyjnych występuje ugruntowana już linia orzecznicza, zgodnie z którą przepisy zawarte w unijnych dyrektywach należą do katalogu przepisów prawa podatkowego o których interpretację mogą pytać podatnicy. Innymi słowy Minister Finansów wydając interpretację indywidualną ma obowiązek wzięcia pod uwagę nie tylko przepisów krajowej ustawy, ale również odpowiednich przepisów unijnych, które zostały zaimplementowane do krajowego porządku prawnego. Takie stanowisko zaprezentował NSA m.in. w wyroku z dnia 17 sierpnia 2012 r. sygn. akt I FSK 1418/11 oraz w wyroku z dnia 11 marca 2010 r. sygn. akt I FSK 61/09.
Możliwość pytania we wniosku o interpretację indywidualną prawa podatkowego o interpretację przepisów krajowych w świetle przepisów wspólnotowych znajduje potwierdzenie również w praktyce organów podatkowych. Analiza wydawanych w ostatnim czasie interpretacji podatkowych prowadzi do wniosku, iż Minister Finansów dostrzegł, iż nie jest możliwe dokonanie prawidłowej wykładni przepisów podatkowych i ustalenie konsekwencji ich stosowania bez uwzględnienia regulacji wspólnotowych. Tym samym podatnik korzystając z instytucji interpretacji indywidualnej ma prawo pytać o interpretację przepisów unijnych i ich implementację do krajowego porządku prawnego.